Plusieurs affaires d'espionnage ont marqué l'histoire suisse récente, comme celle des fiches, l'affaire Jeanmaire et celle de l'espion Daniel M. Chronologie des petites et grandes affaires sans prétention à l'exhaustivité.
- Début 2018, deux agents russes présumés sont arrêtés aux Pays-Bas, en route pour le Laboratoire de Spiez (BE) où des analyses sont en cours en relation avec l'empoisonnement, à Salisbury en Grande-Bretagne, de l'ex-espion russe Sergueï Skripal. Le service de renseignements de la Confédération (SRC) a participé à l'opération, visant à "prévenir toute action illégale contre une infrastructure suisse critique".
- Le 9 novembre 2017, le tribunal régional de Francfort condamne le Suisse Daniel M. à 22 mois de prison avec sursis et 40'000 francs d'amende pour espionnage. Mandaté par le SRC, l'homme avait pour mission d'infiltrer l'administration fiscale de Rhénanie du Nord-Westphalie pour identifier les inspecteurs du fisc qui oeuvraient à recueillir des données sur des clients allemands de banques suisses. L'opération faisait suite au vol chez Credit Suisse et UBS de données remises ensuite au fisc allemand.
- En novembre 2015, l'ex-informaticien français de la banque HSBC à Genève Hervé Falciani est condamné à 5 ans de prison par contumace par la justice suisse pour "espionnage économique". Il avait remis en 2009 aux autorités françaises des données bancaires relatives à des fraudeurs présumés du fisc. Il n'a jamais été prouvé qu'il avait effectué la même opération au bénéfice des autorités allemandes.
- En 2014, l'affaire Giroud a également un lien avec le fisc. Condamné notamment pour fraude fiscale, l'encaveur valaisan Dominique Giroud se voit reprocher d'avoir engagé un pirate informatique, un détective privé et un ancien employé du SRC pour dérober des données. Le trio aurait tenté de pirater les ordinateurs de journalistes qui auraient selon l'encaveur manqué à la déontologie en relatant son affaire.
- Claude Covassi a pratiqué une version plus bénigne de l'espionnage dans les années 2000. Enrôlé par le Service d'analyse et de prévention (SAP) pour infiltrer le Centre islamique de Genève (CIG), il a pour objectif de connaître les éventuels liens entre le CIG et l'islamisme radical.
- Dans les années 1990, Dino Bellasi, comptable du groupe de renseignement de l'armée, détourne près de 9 millions de francs en falsifiant des mandats au nom du Département fédéral de la défense qu'il touchait indûment au guichet de la Banque nationale suisse. Il est condamné en 2003 à six ans de prison. L'ex-comptable s'était défendu en expliquant qu'il avait agi sur ordre de supérieurs pour financer un service secret parallèle. Le tribunal n'a trouvé aucune preuve alléguant cette thèse.
- Il y a 30 ans, en 1989, l'affaire dite des fiches ébranle le pays. Plus de 900'000 personnes, souvent des sympathisants de gauche, ont été espionnées sans base légale par la police fédérale et le Ministère public de la Confédération (MPC), soit plus d'un dixième de la population suisse. Le but avoué de ce fichage général était de protéger le pays contre le communisme, climat de guerre froide oblige.
- Les investigations autour de cette affaire ont aussi concerné l'organisation secrète P-26 et le service, également secret, de renseignement P-27. Tous deux créés à la fin des années 1970, ils sont dissous par le Conseil fédéral après que leur existence a été dévoilée.
- L'espion suisse au rang le plus élevé est le brigadier Jean-Louis Jeanmaire, dont l'affaire a secoué la Suisse à la fin des années 1970. S'étant lié d'amitié avec l'attaché militaire soviétique à Berne, Vassili Denissenko, au début des années 1960, il remet, à lui et à ses successeurs, des documents militaires, non classifiés selon lui. Ce n'est pas l'avis des juges, qui le condamnent à 18 ans de prison en 1977 pour trahison au profit de l'URSS.